Eind 2007 heeft het bestuur van de Rooms Katholieke Parochie Emmaüs op last van de verzekeringsmaatschappij besloten om de kerk buiten gebruik te stellen vanwege de slechte bouwkundige staat.
In 2009 heeft de gemeenteraad, na diverse oproepen uit de bevolking, besloten zich in te spannen om delen van het kerkgebouw voor Uithoorn te behouden vanwege het beeldbepalende karakter. Daarnaast heeft de gemeente plannen voor de ontwikkeling van het gebied rond de Schanskerk. In het Masterplan Dorpscentrum is hiervoor de basis gelegd.
De gemeente en het parochiebestuur starten in de maanden juni en juli gezamenlijk twee onderzoeken die bepalend zijn voor de keuzes voor de toekomst van het kerkgebouw en zijn mogelijke functies. Een onderzoek naar de fundering van de Schanskerk moet uitwijzen of de huidige fundering voor de komende veertig jaar voldoende draagkracht heeft en stabiliteit geeft om het gebouw te handhaven. Daarnaast moet het onderzoek antwoord geven op de vraag of de huidige fundering voldoende sterk is om één of meerdere verdiepingsvloeren in de kerk aan te brengen. Geotechnisch onderzoek moet duidelijk maken in hoeverre bouwactiviteiten in het gebied rond de kerk (boven- en ondergronds) van invloed zijn op de fundering en stabiliteit van het kerkgebouw. Het onderzoek zal ook uitwijzen welke kansen en beperkingen er zijn voor de hoeveelheid bebouwing.
